2B, A2, 9S - Nier Automata

Nhân vật chính ban đầu của trò chơi là 2B (viết tắt của "YoRHa Số 2 Mẫu B"), một Android chiến đấu thuộc YoRHa có đặc điểm chính là điềm tĩnh và nghiêm túc. 2B đi cùng với 9S (viết tắt của "YoRHa Số 9 Mẫu S"), một Android trinh sát nam thể hiện nhiều cảm xúc hơn các đơn vị YoRHa khác. Trò chơi sau đó giới thiệu một nhân vật khác tên là A2 (viết tắt của "YoRHa Mẫu A Số 2"), một nguyên mẫu Android tấn công thử nghiệm thường hành động một mình. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 11945 sau Công nguyên và xoay quanh cuộc chiến ủy nhiệm giữa các Android do con người tạo ra và đội quân Machine xâm lược từ người ngoài hành tinh. Mặc dù bị cấm có cảm xúc và không có tên thật nhưng mỗi Android đều có một tính cách riêng biệt. Lực lượng Android "YoRHa" được chỉ huy từ Bunker, một căn cứ trinh sát quay quanh Trái đất. Chống lại các Machine, lực lượng YoRHa chiến đấu cùng với các Android trên Trái Đất được gọi là Quân Kháng chiến